【2026年最新】SaaS助成金情報まとめ｜中小企業・スタートアップが活用すべき支援制度とは？

はじめに

補助金を使ったシステム・アプリ開発のご相談は、お問い合わせから承ります。

業務効率化や売上向上のためにSaaS（Software as a Service）を導入する企業は増えています。一方で、中小企業やスタートアップにとって、初期設定の費用や毎月の利用料は小さくない負担です。そこで候補になるのが、SaaS導入に使える補助金・助成金です。

結論から書くと、2026年にSaaSのクラウド利用料に補助金を使う場合、まず確認する国の制度はデジタル化・AI導入補助金2026です。ただし、どのSaaSでも対象になるわけではありません。事務局に登録されたITツールであること、利用料が対象期間の範囲内であること、申請する枠の要件に合うことがそろった場合にだけ対象になります。

新しい事業を立ち上げ、そのためにシステムを構築する場合は、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金が別の候補になります。こちらは新規事業としての要件を満たすことが前提で、SaaSを契約するだけの取り組みは対象になりません。

本記事では、2026年10月3日に公式サイトで確認した内容をもとに、SaaS導入で検討できる制度、対象になる条件、申請の流れ、注意点を順に整理します。制度は年度の途中でも更新されるため、申請の直前には各制度の公式ページで最新の公募要領を確認してください。

SaaS導入に使える代表的な助成金とは？

SaaS導入で検討される主な支援制度は、次のとおりです。制度ごとに目的と対象経費が違うため、制度名ではなく「何にお金を使うのか」から選びます。

制度	向いているケース	SaaS利用料の扱い	出典（2026年10月3日確認）
デジタル化・AI導入補助金2026	登録済みのSaaSで既存業務を効率化したい	登録ITツールのクラウド利用料は最大2年分が対象	制度概要・通常枠
新事業進出・ものづくり商業サービス補助金	新製品・新サービスや新市場への進出のためにシステムを作る	クラウドサービス利用費は経費区分にあるが、システム構築費等が必須	公式サイト
地方自治体の補助金・助成金	地域の制度で導入費や利用料の一部を賄いたい	対象期間・上限は自治体ごとに異なる	各自治体の公式サイト
小規模事業者持続化補助金	小規模事業者が販路開拓の取り組みの一部としてツールを使う	販路開拓の計画に沿う経費かどうかで判断	各回の公募要領

主軸はデジタル化・AI導入補助金2026

デジタル化・AI導入補助金2026は、中小企業・小規模事業者等の労働生産性の向上を目的に、ITツールの導入を支援する制度です。公式の制度概要では、対象となるITツールは事前に事務局の審査を受けて補助金HPに登録されたものとされ、クラウドサービス利用料も補助対象に含まれています（出典: デジタル化・AI導入補助金2026 制度概要、2026年10月3日確認）。

申請枠は、通常枠、インボイス枠（インボイス対応類型・電子取引類型）、セキュリティ対策推進枠、複数者連携デジタル化・AI導入枠です。SaaSの導入で中心になる通常枠の要点は次のとおりです。

項目	通常枠の内容（公式記載）
補助額（1プロセス以上）	5万円以上150万円未満
補助額（4プロセス以上）	150万円以上450万円以下
補助率	1/2以内（最低賃金近傍の従業員が一定割合以上などの条件を満たす場合は2/3以内）
公表済みの締切	2026年10月30日（金）17:00（交付決定は2026年12月10日予定）

出典: 通常枠、事業スケジュール（いずれも2026年10月3日確認）。スケジュールは確定した募集回だけが公表されるため、次回以降の締切は公式ページで確認してください。

新規事業なら新事業進出・ものづくり商業サービス補助金も候補

新事業進出・ものづくり商業サービス補助金は、企業規模の拡大や付加価値向上を通じた生産性向上と賃上げを目的とする制度です。革新的新製品・サービス枠、新事業進出枠、グローバル枠の3枠があり、第1回公募の応募締切は2026年10月30日（金）18時です（出典: 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金、2026年10月3日確認）。

この制度でSaaSに関わる費用を検討できるのは、新製品・新サービスの開発や新市場への進出といった要件に合う場合に限られます。公式サイトでは、単に機械装置・システム等を導入するだけで新製品・新サービスの開発を伴わないものは対象外と明記されています。

枠	補助上限額	補助率	必須の経費
革新的新製品・サービス枠	最大2,500万円（賃上げ特例適用時は最大3,500万円）	中小企業者1/2（特例で2/3）、小規模事業者等2/3	機械装置・システム構築費
新事業進出枠	最大7,000万円（賃上げ特例適用時は最大9,000万円）	1/2（特例で2/3）	機械装置・システム構築費または建物費

上限額は従業員数によって段階があり、補助事業終了後3〜5年の事業計画で付加価値額や給与支給総額の伸びなどの要件を満たす必要があります。既製SaaSの利用料だけを賄いたい場合は、まずデジタル化・AI導入補助金2026から確認するのが現実的です。

制度ごとの向き不向きは、システム開発で使える補助金の選び方も参考にしてください。

デジタル化・AI導入補助金2026でSaaSはどこまでカバーされる？

デジタル化・AI導入補助金2026でSaaSの費用を申請できるかどうかは、ツールの種類ではなく、登録と枠の要件で決まります。会計ソフトや顧客管理ツールであっても、登録されていなければ対象になりません。

確認する条件	公式の記載・確認ポイント
登録ITツールか	事務局の審査を受けて補助金HPに登録されたITツールが対象
業務プロセスの要件	通常枠では1種類以上の業務プロセスを持つソフトウェアを申請する（汎用プロセスのみは不可）
利用料の対象期間	通常枠のクラウド利用料は最大2年分
一緒に申請できる費用	機能拡張、データ連携ツール、セキュリティ、導入コンサルティング、導入設定・研修、保守サポート
申請の相手	事務局に登録されたIT導入支援事業者とパートナーシップを組んで申請する（複数者連携枠を除く）

出典: 制度概要、通常枠（いずれも2026年10月3日確認）。

つまり、「SaaSだから対象」ではなく「登録されたITツールを、対象期間と枠の要件の範囲で導入するから対象」と考えることが大切です。通常枠のクラウド利用料は最大2年分が上限で、それを超える部分や、登録されていない自社開発のシステムは、この制度の対象として扱えません。

SaaS導入時に助成金申請する流れとは？

デジタル化・AI導入補助金2026を使ってSaaSを導入する場合、おおまかな流れは次のとおりです。

公募スケジュールの確認：確定した募集回の締切を事業スケジュールで確認します。
IT導入支援事業者と登録ITツールの選定：導入したいSaaSが登録されているか、どの枠で申請するかを支援事業者と確認します。
必要書類の準備：gBizIDやSECURITY ACTIONなど、公募要領で求められる準備の要否を確認し、早めに進めます。
交付申請：IT導入支援事業者と共同で申請内容を作成し、提出します。
交付決定後の契約・導入：交付決定の前に契約や支払いをすると対象外になる可能性があります。
実績報告：導入と支払いの証拠を提出し、確定した補助金を受け取ります。

申請はIT導入支援事業者と組んで進めるため、ツール選びと支援事業者選びは同時に考えます。補助金は原則として後払いです。導入時にはいったん全額を支払うため、資金繰りも含めて計画してください。手続きの分担は支援事業者によって異なるため、どこまで支援してもらえるかを契約前に確認しておくと安心です。

SaaS助成金はどんな業種が対象になる？

デジタル化・AI導入補助金2026は、業種を限定する制度ではなく、中小企業・小規模事業者等が対象です。対象になるかどうかは業種よりも、導入するSaaSがどの業務プロセスに当たり、登録ITツールとして公開されているかで決まります。

小売・飲食：顧客対応・販売支援や決済に関わるツール
医療・福祉：予約や事務処理など業種固有の業務に使うツール
製造業：在庫・工程・受発注の管理に使うツール
士業：会計・顧問先管理に使うツール

同じ業種でも、選ぶツールや枠によって申請できる範囲は変わります。業種名だけで判断せず、候補のツールが登録されているかを先に確認してください。

地方自治体のSaaS導入助成金にも注目

国の制度に加えて、都道府県や市区町村がクラウドサービスやソフトウェアの導入費を支援する制度を設けている場合があります。補助率、上限額、利用料を対象にする期間、対象となる事業者の所在地などは自治体ごとに異なり、年度によっても変わります。

探すときは、所在地の自治体の産業振興担当ページや商工会議所・商工会の案内を確認するのが近道です。国の制度と併用できるかどうかは、同じ経費を二重に申請しないことを前提に、それぞれの募集要項で確認してください。

SaaS助成金申請時の注意点とは？

助成金を活用する際は、次の点に注意してください。

未登録のツールは対象外：デジタル化・AI導入補助金2026では、登録されていないSaaSは申請できません。
交付決定前の契約・支払い：交付決定前に発注や支払いをした経費は、対象外になる可能性があります。
実績報告と証拠書類：契約書、請求書、支払いの記録などの提出が求められます。
対象期間を超える利用料：利用料は制度が定める期間の分だけが対象で、それ以降は自社負担です。

補助金の有無より先に、そのSaaSで業務がどう変わるかを整理しておくことが、制度選びで迷わないための近道です。補助期間が終わった後の利用料も含めて、無理なく続けられるかを確認してください。

SaaSベンダー選定時のチェックポイント

助成金を使う前提でSaaSを選ぶときは、次の観点で比較すると判断しやすくなります。

比較項目	チェックポイント
登録状況	登録ITツールか、IT導入支援事業者として申請を支援してもらえるか
サポート体制	導入設定・研修・申請手続きの支援範囲はどこまでか
業務との適合	自社の業務フローに合うか、標準機能で足りるか
継続コスト	補助の対象期間が終わった後も無理なく払える価格帯か
連携	既存の会計ソフトや業務システムとデータ連携できるか

標準機能で業務が回らない場合は、SaaSだけで解決しようとせず、必要な部分を個別に作る選択肢も含めて検討すると、導入後のミスマッチを防ぎやすくなります。

SaaS導入に助成金を使う想定ケース

ここでは実際の採択事例ではなく、制度の使い方を説明するための想定ケースを紹介します。

たとえば、複数店舗を運営する飲食店が、POSレジと連携する顧客管理SaaSとシフト管理SaaSの導入を考えているとします。この場合、まず両方のツールが登録ITツールかを確認し、IT導入支援事業者と申請する枠と業務プロセスを整理します。登録されていれば、ソフトウェアの費用や最大2年分のクラウド利用料、導入設定などをまとめて申請の候補にできます。

一方で、店舗ごとの独自ルールに合わせた予約機能をゼロから作りたい場合は、登録SaaSの範囲では収まらないことがあります。その機能が新しいサービスの提供につながるなら新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の要件を、そうでなければ自己資金での開発や自治体の制度を検討する、という順番で考えます。

まとめ

2026年にSaaS導入で補助金・助成金を検討するなら、主軸はデジタル化・AI導入補助金2026です。通常枠の補助額は最大450万円、補助率は1/2以内（条件により2/3以内）で、登録ITツールのクラウド利用料は最大2年分が対象になります。ただし対象になるのは、登録ITツール・対象期間・申請枠の要件がそろった場合だけです。

新しい製品やサービスを立ち上げるためのシステム構築なら、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金が別の候補になります。既存業務をSaaSに置き換えるだけの取り組みは対象外になるため、新規事業としての要件に合うかを先に確認してください。自治体の制度は地域ごとに条件が違うため、所在地の公式サイトで最新の募集要項を確認することが大切です。

いずれの制度も、締切や対象経費は年度の途中でも変わります。ネット上のまとめ記事ではなく公式サイトの最新の記載を正として扱い、不明な点はIT導入支援事業者や制度の事務局に確認しながら進めてください。補助期間が終わった後の利用料まで含めて、続けられる計画かどうかも見ておくと安心です。

「導入したいSaaSで業務が回るのか」「足りない部分を作る必要があるのか」が分からないまま制度を探すと、申請の直前で迷いがちです。同じ課題をお持ちなら、AI開発ラボに要件整理から申請可否の切り分け、ノーコード開発の見積もりまでご相談いただけます。採択や費用削減をお約束するものではありませんが、計画の整理から一緒に進めます。

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